X档案关闭后，莫特(大卫·杜楚尼，大卫？杜楚妮)和斯考利(吉莲·安德森，阿娇？安德森被分开了。莫特被命令监督工作，而史高丽回到大学。一天，国会议员雷蒙德·J·巴里向莫特透露了一条消息，说他收到了一封来自波多黎各的外星人的电报。为了赶在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。史高丽，得到消息，冲向

联邦调查局助理局长沃尔特·斯金纳是一起谋杀案的主要嫌疑人，该案涉及一名在她死亡当晚和他在一起的女子。穆德和史高丽都是他必须证明自己的清白，因为上级试图阻止他，唯一的线索是一个神秘的老妇人。

对杰里迈亚·史密斯的继续搜寻使史高丽发现了加密的数据文件，其目的还不知道。被一个不知名的密切追捕，耶利米带领穆德到加拿大乡下一个僻静的农场，而西装男子决定穆德夫人 命运。

延续上一季的故事，原来莫特被骗了，在及时发现错误后，他和史高丽勾结欺骗高层，从而潜入一个 "一个普通的联邦调查局特工不应该进入 "收集需要的信息。这一季越来越精彩，一些没有被彻底改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史高丽 她的子宫在被绑架时被摘除，但今年她的孩子——·艾米丽出现了。今年制作组甚至找

外星人是电影《FTF》中的变种，它从一家基因技术研究公司员工的肚子里逃出来。穆德和史高丽找到吉布森，他带穆德去见外星人。史高丽证明吉布森可能是外星人(所有人类都可能是)。斯彭德和福利现在负责X档案。吉布森终于又消失了。

谁也没有想到，70年前神秘的罗斯威尔事件对今天的全人类仍然有着如此巨大的影响。很少有人能看到全部的，即使就在那里。一天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·莫特(大卫·杜楚尼·大卫·杜楚尼饰)和他最信任的搭档达纳·斯考利(吉莲·安德森·吉莲·安德森饰)重聚，后者是一家教会医院的医生。原来是一个政治黑幕节

据福斯电视部老板加里·纽曼透露，因为主演档期的原因，《《X档案》》新一季可能会推迟到2018年底或者2019年。但预计会从上一季的6集扩大到10集。作为一部经典剧，《《X档案》》一直拥有一批忠实的粉丝。即使停播了14年，2016年初还是播出了一个全新的故事，第一集就吸引了1350万观众。