新治Ikari，罪魁祸首的 "第三次冲击，已经变得像个废人了...真嗣能振作起来吗？继2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了封印故事的后续。

俊勋(福山润饰演)是一名高中生，他有一种超自然的体质，这让他非常困惑。他总能在不知不觉中吸引很多精灵。一天，他无意中走进一家魔法商店，遇到了美丽而神秘的店主段丽阳·一元(大原沙耶香配音)。玉子告诉他，这是一家帮助人们实现愿望的商店。4月1日，君勋许了一个愿望，希望能缓解特殊体质，但这个愿望代价不菲。