「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，

　　生活在海滨城市的人见舞（岛带宽子 饰）和阿裕（原田健二 饰）是青梅竹马的好友，随着年龄增长，小舞渐渐喜欢对方，却迟迟不敢说出口。两人确定关系的那天，小舞车祸而死。其身为科学家的父亲人见俊彦（渡濑恒彦 饰）运用自己研发的“意识恢复软件”使女儿在计算机上复活。人见博士曾供职的Digital Ware