世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻

　　这世上存在着一个选择将法律无法制裁的此世之恶作为恶性肿瘤“去除”，并将其埋葬于黑暗中的秘密组织，其名为“黑色标签”。17岁的高中生·三神岚，作为组织的一员，面对巨大的罪恶挺身而出。这个故事，是以高中生之身担当处刑人的少年，与选择和觉悟斗争的记录。